Кресна се намира в Югозападна България по протежение на долината на река Струма в района на Кресненското дефиле. На юг достига до селата Палат и Драката, на север – с. Крупник, на изток – в подножието на Пирин, а на запад – в подножието на Малешевска планина.
Климатът е преходно-средиземноморски.
По поречието на реката преобладават седиментните почви, следвани от алувиално-делувиални плитки почви и в периферията – канелени почви. Кресненското дефиле е скален комплекс на силикатна основа. За него са характерни стръмните скалисти склонове, голями скални масиви с отвесни стени и по-малки скални местообитания.
На юг от дефилето има хълмове покрити със средиземноморска растителност, с надморска височина до 500m. Смесени дъбови гори – космат дъб, келяв габър, бял ясен както и смесени гори от космат дъб и Дървовидна хвойна с подлес от вечнозелени средиземноморски храсти са широко разпространени на надморска височина до 500м. На определени места преобладават гори от Дървовидна хвойна с подлес от бодлив кедър. Драка и кукуч се срещат главно по клисурите. В по-южните райони се срещат някои типични средиземноморски вечнозелени видове като пърнар и зеленика. Смесени космат дъб и келяв габът също са характерни. Хвойновите и примесените от хвойна и космат дъб гори с подлес от вечнозелени средиземноморски храсти са местообитанията които определят високия дял на средиземноморски видове(повече от 30%) в орнитофауната на Кресна. По долината на Струма в Кресненското дефиле и в подножието на Пирин се среща и източен чинар. По долните части на тези райони покрай реките и върху мокри участъци се срещат и върби Salix spp. и Alnus spp. Ендемичен вид тук е диляновата мишовка (Minuartia dilijane). Има и оскъдни изкуствени насаждения от австрийски черен бор, както и земеделски земи, предимно пасища.